Proyectos
Compendios de investigación, flujos computacionales y recursos emergentes seleccionados
Estos proyectos integran estudios de campo, recursos para organismos no modelo y análisis reproducibles alrededor del estrés ambiental y la organización biológica.
Eco-ómicas reproducibles y ecotoxicología de campo
EchoGO
Problema: La interpretación funcional puede depender del recurso de anotación utilizado, especialmente en organismos no modelo.
Contribución: Un marco en R para la interpretación sensible al contexto de anotación después del análisis de expresión diferencial, anclado al enriquecimiento experimental del organismo de estudio.
Vínculo con el programa: Favorece una interpretación transparente y transferible en eco-ómicas de organismos no modelo.
R · RNA-seq · enriquecimiento GO · organismos no modelo · reproducibilidad
Holtemme Gammarus Ecotoxicogenomics
Problema: Relacionar mezclas ambientales de micropoluentes con respuestas moleculares en poblaciones silvestres de Gammarus pulex a lo largo de un gradiente fluvial.
Contribución: Un análisis reproducible que integra química ambiental, estructura global del transcriptoma, expresión diferencial, interpretación funcional y análisis de redes génicas.
Vínculo con el programa: Conecta un gradiente de estrés en condiciones reales con respuestas moleculares y a nivel de redes.
ecotoxicología de campo · RNA-seq · química ambiental · WGCNA · compendio reproducible
Flujos y recursos para organismos no modelo
Cottus Genomics
Problema: Construir recursos genómicos y transcriptómicos para Cottus europeos.
Contribución: Un flujo reproducible que combina anotación genómica, evidencia de RNA, transcriptómica de novo, ejecución en HPC, controles de validación y procedencia orientada a versiones publicables.
Vínculo con el programa: Desarrolla recursos moleculares reutilizables para organismos acuáticos no modelo.
genómica · BRAKER · Trinity · HPC · organismos no modelo
Skåne Environmental Metagenomics
Problema: Caracterizar genomas microbianos y virus ambientales a través de metagenomas espacialmente estructurados.
Contribución: Un flujo Snakemake/HPC a través de siete sitios, que incluye recuperación de MAGs, catálogos de vOTUs, taxonomía, cuantificación y vínculos virus–hospedador basados en evidencia.
Vínculo con el programa: Extiende mi trabajo hacia la organización de comunidades microbianas y virales, la metagenómica ambiental y la estructura ecológica hospedador–virus.
metagenómica · virómica · MAGs · Snakemake · HPC
Zebrafish Exposure Transcriptomics
Problema: Comparar respuestas moleculares entre dos experimentos de exposición química en larvas de pez cebra.
Contribución: Un flujo reproducible de RNA-seq que integra expresión diferencial, enriquecimiento dirigido, interpretación sensible al contexto de anotación, análisis KEGG y síntesis centrada en mecanismos.
Vínculo con el programa: Añade un contexto experimental comparativo de exposición a mi trabajo sobre respuestas al estrés ambiental.
pez cebra · RNA-seq · DESeq2 · genómica funcional
Programa emergente
TROPECO-OMICS / Hi-SGH
Pregunta: ¿Cómo cambia la coordinación biológica a medida que aumenta el estrés ambiental y cuándo puede la compensación dar paso a una pérdida de resiliencia?
Estado: Propuesta en evaluación.
Vínculo con el programa: Hi-SGH proporciona un marco comprobable para estudiar coordinación entre capas, compensación y resiliencia a lo largo de gradientes de estrés en condiciones reales.
multi-ómicas · holobionte · gradientes de campo · resiliencia · ecología de sistemas
Enfoque de los proyectos
A través de estos proyectos preservo la procedencia de los datos, conecto los resultados analíticos con la evidencia primaria y documento las decisiones que determinan la interpretación biológica.